Il percorso museale, di tipo cronologico e topografico, presenta oggi al pubblico i reperti provenienti dai complessi archeologici marchigiani dalla preistoria fino all’Ellenismo.
E’ articolato in cinque sezioni (le prime due aperte al pubblico e le altre in fase di allestimento): la Sezione Preistorica (dal paleolitico più antico alla fine dell’età del bronzo); la Sezione Protostorica (dalla prima età del ferro per tutto lo sviluppo della Civiltà Picena e della Civiltà Gallica); la Sezione Ellenistica (presente una mostra su Ancona ellenistico-romana), la Sezione Romana e la Sezione Medievale, oltre al Medagliere.
La visita inizia al secondo piano dove sono esposti i complessi marchigiani dal Paleolitico all’Età del Bronzo (Paleolitico, Neolitico, Eneolitico, Età del Bronzo). Dal terzo al primo piano si articola il percorso dedicato alla civiltà picena, dalle fasi iniziali fino al periodo dei Galli Senoni con le prestigiose tombe di Moscosi di Fabriano e Montefortino di Arcevia; chiude l’itinerario espositivo la sala dedicata ai preziosi corredi di Ancona Ellenistica.
Si suggerisce di prestare attenzione anche alla sede museale che può costituire essa stessa un percorso di visita attraverso il terrazzo pensile, lo scalone d’onore, il primo piano affrescato da Pellegrino Tibaldi (1527 – 1596), fino al terzo piano arricchito dai dipinti attribuiti a Federico Zuccari (1540 – 1609) e di più tarde maestranze settecentesche.
La visita al museo si può completare con quella alle strutture del foro romano antistanti l’ingresso del palazzo, fino alle suggestive rovine dell’anfiteatro romano sulla collina sovrastante il museo in via Birarelli.
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